Interesante.....
Los problemas que comentas, el que solo tengas las faciones vanila o el no empezar en guerra, son tipicos de tener el fichero Startpos.esf original y no el del EmpireHG.
El resto de "cosas", batallas, movimientos, tropas, uniformes, ¿va bien?
Llegados aquí, tengo que pedirte que desinstales el juego, borres "a mano" las carpetas:
C:\Program Files (x86)\Steam\steamapps\common\Empire Total War
C:\Users\***USUARIO***\AppData\Roaming\The Creative Assembly\Empire
Volver a instalar etc.