Eso pasaba en el caso de unidades que vendían como DLC y los mod las desbloqueaban. Mientras jugaras la campaña, aunque fuera estando conectado, no pasaba nada. El problema venia si entrabas al multi con el mod puesto, entonces si lo consideraban piratería y te podian llegar a banear la cuenta.
Este mod lo único que hace es quitar el bloqueo que tienen las facciones no-jugables. Por ejemplo, supón que no tienes el pack griego y con este mod, desbloqueas a los espartanos. Pues no tendrás ningún problema ya que la facción espartana desbloqueada va "en bragas", no tiene ningún añadido de los que te da el DLC de la cultura griega.