No hay ninguna forma aparte de crear una campaña en la que todo esté correcto... Te recomiendo que crees pocas regiones al principio (no demasiado pocas) y pocas facciones... Mira en el post de consultorio de modding que ramiro me contesto muchas preguntas, estan por las ultimas paginas, luego el blog del friki-modder y por supuesto los tutoriales te pueden ayudar también...
Suerte
Antes de hacerlo funcionar en el juego se pueden hacer comprobaciones de colores en los mapas. Se pasa a modo indexado y se comprueba uno a uno, en la tabla de colores, que sean realmente los adecuados. También se puede aprovechar para comparar con los valores RGB asignados a cada región.
Si todo eso es correcto, entonces no queda más que ir al juego y rezar a San Judas Tadeo (patrono de las causas imposibles :mrgreen: ).