Por partes.
La partición. Los sistemas FAT y NTFS son sitemas de formato del disco. El sistema FAT y FAT32 era de los antiguos windows (95 y 98) y el NTFS de los nuevos (2000, NT, Xp y Vista). Cualquier sistema formateado en NTFS reconoce la información de discos o discos duros formateados en FAT. Pero no viceversa.
En cualquier caso, a parte de eso, uno u otro no debería influïr significativamente en como te va el pc. Será problema de otra cosa.
En resumen, que formatees en NTFS si trabajas con Xp o Vista.
El router. Tal que lo tienes, tienes los dos pcs conectados de manera independiente al router. Por tanto lo que hagas con un pc no afecta al otro ni al router. Cuando formatees tu pc, vulves a instalarte la conexión con la contraseña de antes y listo.
En resumen, si formateas tu pc, el pc inalambrico debería poder conectarse normalmente.
Saludos.